Amursana chạy trốn về phía tây đến Siberia và xin tị nạn tại pháo đài của người Nga ở Semipalatinsk (Semey hiện đại, Kazakhstan). Sau đó, ông được đưa đến Tobolsk, nơi ông chết vì bệnh đậu mùa vào ngày 21 tháng 9 năm 1757, ở tuổi 35.

Người Trung Quốc yêu cầu trả lại kẻ chạy trốn và những người theo ông theo các điều khoản của Điều X cho Hiệp ước Kiakhta, nhưng người Nga đã che giấu sự thật đằng sau nó và cái chết của mình với hy vọng có được đòn bẩy thông qua việc chiếm hữu cơ thể ông. Sau khi sứ giả của nhà Thanh được thông báo rằng Amursana đã chết qua sông Irtysh, họ đã dành tháng sau để nạo vét nó nhưng không tìm thấy gì. Sau một thời gian dài tranh cãi, cuối cùng, người Nga đã đồng ý vận chuyển cơ thể băng giá của Amursana từ Tobolsk đến Kiakhta để xem nhưng từ chối yêu cầu rằng nó sẽ được trao cho "hình phạt sau khi chết"; thay vào đó họ chôn cất nó. Các yêu cầu lặp đi lặp lại của nhà Thanh đến St. Petersburg để trả lại xác chết của Amursana đã bị người Nga phản bác với lý do rằng mối quan hệ thân thiện của họ không nên bị đảo lộn bởi "một vài xương mục nát". Càn Long chồng chất lên áp lực: ông đặt các nhà sư Chính thống Nga ở Bắc Kinh dưới sự quản thúc tại gia và đe dọa sẽ cắt đứt thương mại hoàn toàn. Cuối cùng, cơ thể của Amursana đã không được trả lại. Càn Long khăng khăng rằng "Nhà nước chỉ cần bắt Amursana. Khi ông ta chết, và cơ thể ông ta được lấy lại, toàn bộ vụ Dzungar có thể được gọi là thành công", đã không thuyết phục được người Nga trả lại xác.

Nỗi ám ảnh của Càn Long về vấn đề này dường như đã bị ảnh hưởng bởi sự đối xử của ông nội Khang Hy đối với thi thể của kẻ thù không đội trời chung của ông là Galdan Boshugtu Khan, đầu bị thị chúng công khai và tro cốt của ông bị nghiền nát trên mặt đất của quân đội ở thủ đô Trung Quốc. Vào ngày 18 tháng 10 năm 1768, cả hai bên đã ký sửa đổi Điều X của Hiệp ước Kiakhta bằng các ngôn ngữ tiếng Nga, tiếng Mãn và tiếng Mông Cổ quy định các hình phạt sẽ áp dụng cho tội phạm tương lai, bao gồm cả những kẻ đào ngũ. Tuy nhiên, do biên giới với Dzungaria chưa được xác định tại thời điểm hiệp ước 1727 ban đầu, Amursana và những người của ông không đủ điều kiện.